فتنه‌ 88 را نباید سطحی نگریست؛ فتنه ریشه‌هایی درگذشته داشت و اهدافی در آینده. در سال­های پس از فتنه یکی از تذکرات رهبر انقلاب توجه به ریشه‌ها و اهداف فتنه بوده است

«فتنه‌ 88 تنها آن چیزی نبود که توی خیابان به‌وسیله‌ی تعدادی آدم دیده شد؛ این‌یک چیز ریشه‌داری بود، یک بیماری عمیقی درست کرده بودند، اهدافی داشتند، زمینه‌ها و مقدمات فراوانی برایش چیده شده بود، کارهای بزرگی شده بود و هدف‌های بسیار خطرناکی دنبال این کار بود که با این برخوردهای گوناگون سیاسی و امنیتی و این‌ها حل نمی‌شد؛ یک حرکت عظیم مردمی لازم داشت؛ که این حرکت، حرکت 9 دی بود؛ آمدند بساط فتنه و فتنه‌گران را در هم پیچیدند.»